Bio je član Stranke demokratske akcije (SDA) do 1996. godine, kada se pridružuje Harisu Silajdžiću u novoformiranoj Stranci za Bosnu i Hercegovinu (SBiH). Halilović je četiri godine bio predsjednik Predsjedništva SBiH. Stranku napušta 2012. godine.
Nakon studija Halilović posao dobija na FPN-u, a kasnije postaje i profesor na ovom fakultetu.
Krajem rata 1995. godine postaje direktor Bosanskog kulturnog centra u Sarajevu, a naredne godine je izabran za poslanika u Predstavničkom domu Parlamenta Federacije BiH (FBiH).
Halilović je od 1998. godine još četiri puta bio izabran u Parlament FBiH, ali se svaki put odrekao poslaničkog mandata zbog funkcije u izvršnoj vlasti.
U izvršnu vlast ulazi kao ministar za obrazovanje, nauku i informisanje u Vladi Kantona Sarajevo, a od 2001. godine postaje član političkog vrha Federacije BiH – prvo kao potpredsjednik, a potom i kao predsjednik entiteta. Početkom 2003. godine postaje ministar civilnih poslova u Vijeću ministara BiH, a nakon četiri godine imenovan je i za državnog ministra za ljudska prava i izbjeglice. Nakon isteka ministarskog mandata 2012. godine postaje poslanik u federalnom parlamentu.
Detalji o komemoraciji, dženazi i ukopu bit će saopćeni naknadno.