Prvobitna optužnica protiv Jadranka Prlića, Brune Stojića, Slobodana Praljka, Milivoja Petkovića, Valentina Ćorića i Berislava Pušića potvrđena je 4. marta 2004., a objelodanjena 2. aprila 2004. godine.
Dana 16. novembra 2005. godine, tužilaštvo je podnijelo izmijenjenu optužnicu u kojoj je razjasnilo već ranije navedene optužbe protiv optuženih. 22. maja 2008. godine, tužilaštvu je naloženo da izmijeni optužnicu kako bi dodatno pojasnilo određene navode.
Druga izmijenjena optužnica je podnesena 11. juna 2008. godine i postala je važeća optužnica.
U optužnici su se optuženi teretili na osnovu individualne krivične odgovornosti i na osnovu krivične odgovornosti nadređenog za sljedeće:
– Hotimično lišavanje života; nečovječno postupanje (seksualno zlostavljanje); protivpravnu deportaciju, premještanje i zatočenje civila; nečovjeĉno postupanje; uništavanje imovine širokih razmjera i oduzimanje imovine koje nije opravdano vojnom nuždom, a izvedeno je na protivpravan i bezobziran naĉin (teške povrede Ženevskih konvencija, član 2),
– Okrutno postupanje; protivpravni fizički rad; bezobzirno uništavanje gradova, naselja i sela, ili pustošenje koje nije opravdano vojnom nuždom; uništavanje ili hotimično nanošenje štete ustanovama namijenjenim religiji ili obrazovanju; pljačkanje javne i privatne imovine; protivpravni napad na civile; protivpravno terorisanje civila (kršenja zakona i običaja ratovanja, član 3),
– Progone na političkoj, rasnoj i vjerskoj osnovi; ubistvo; silovanje; deportaciju; zatvaranje; nehumana djela (zločini protiv čovječnosti, član 5).
Suđenje je počelo 26. aprila 2006. Tužilaštvo je završilo s izvođenjem svojih dokaza 24. januara 2008. godine. Izvođenje dokaza odbrane počelo je 5. maja 2008. godine, a zvanično završilo 17. maja 2010. godine. Završne riječi su iznesene od 7. februara do 2. marta 2011. godine.
Dana 20. februara 2008., Pretresno vijeće u predmetu Prlić i drugi izdalo je usmenu odluku u skladu s pravilom 98bis i odbacilo zahtjeve za oslobađajuću presudu koje su podnijele odbrane Ćorića i Pušića.
U presudi Vijeće je iznijelo brojne zaključke u vezi sa zločinima koje su počinili pripadnici HVO-a. Između ostalog, Vijeće je zaključilo:
– Napetosti između Hrvata i Muslimana u Bosni i Hercegovini rasle su tokom 1992. godine, i to naročito u općini Prozor. Dana 23. oktobra 1992. HVO je napao grad Prozor i okolna mjesta. Nakon stavljanja grada Prozora i sela Paljike pod kontrolu, pripadnici HVO-a su, počevši od 24. oktobra 1992., uništili više muslimanskih kuća
i vozila u gradu, te spalili jednu kuću i ubili dvije osobe u Paljikama.
– Dana 18. januara 1993., HVO je napao grad Gornji Vakuf, kao i nekoliko okolnih sela. Sukobi HVO-a i Armije BiH (ABiH) trajali su nekoliko dana. Počevši od 18. januara 1993., HVO je u fabrici namještaja u Trnovači, općina Gornji Vakuf, zatočio 40 do 60 muškaraca. Vojnici HVO-a su neke od njih tukli i/ili maltretirali. Na primjer, dva vojnika HVO-a su Hasanu Behli odsjekli uho, a poslije mu gazili po rani. Nakon
približno dvije sedmice zatočenja, ti muškarci Muslimani su razmijenjeni ili premješteni.
– HVO je 17. aprila 1993. izveo napade na općine Prozor i Jablanica. Od 17. do 19. aprila 1993., HVO je napao sela Parcane, Lizoperce i Tošćanicu u općini Prozor, gdje je spalio kuće Muslimana i ubio dvije osobe. Dana 17. aprila, HVO je granatirao sela Soviće i Doljane u općini Jablanica. Nakon borbi, i do 23. aprila 1993., HVO je uhapsio vojnike Armije BiH, vojno sposobne muškarce Muslimane, žene, djecu i starce iz tih sela, i odveo ih u školu u Sovićima, gdje je više njih bilo zatočeno u vrlo teškim uslovima do 5. maja 1993. Vojnici HVO-a su zatočenike, uključujući i žene, tukli i maltretirali, i ubili ĉetiri vojnika Armije BiH.
– Dana 9. maja 1993., HVO je izveo opći napad na Armiju BiH u Mostaru, tokom kojeg je zauzeo stambeni blok Vranica u kojem se nalazio štab Armije BiH. Tokom te operacije koja je trajala nekoliko dana, vojnici HVO-a minirali su Baba Beširovu džamiju. Vojnici HVO-a su masovno hapsili Muslimane iz zapadnog Mostara i
odvajali muškarce od žena, djece i staraca. Pripadnici Armije BiH bili su zatočeni u zgradi MUP-a i Duhanskom institutu, gdje su ih jako pretukli. Drugi muškarci, bez obzira na to da li su bili pripadnici Armije BiH ili ne, bili su zatočeni i premlaćivani u zgradi Mašinskog fakulteta. Deset vojnika Armije BiH umrlo je uslijed posljedica tog nasilja. Žene, djeca i starci iz zapadnog Mostara poslani su na Heliodrom gdje su bili zatočeni više dana, nakon čega su pušteni kućama.
– Od juna 1993. do aprila 1994. HVO je pod opsadom držao istočni Mostar. Tokom tog perioda je na istočni dio grada, kao i na četvrt Donja Mahala u zapadnom dijelu izvršen dugotrajni vojni napad HVO-a, koji se konkretno sastojao od stalnog intenzivnog granatiranja i vatre iz drugog naoružanja. Uslijed granatiranja su
mnogi civili, ali i članovi međunarodnih organizacija bili ranjeni i izgubili živote. Također je jako oštećeno ili uništeno deset džamija. HVO je sprječavao, a ponekad i potpuno blokirao prolaz humanitarne pomoći. Muslimansko stanovništvo bilo je prisiljeno da živi u izuzetno teškim uslovima, bez hrane, vode, električne
energije i adekvatne njege. Vojnici HVO-a su silovali više žena, uključujući i jednu djevojku od 16 godina, prije nego što su ih natjerali da pređu liniju fronta prema istočnom Mostaru. Dana 8. novembra 1993. jedan tenk HVO-a je tokom ofenzive cijeli dan otvarao vatru po Starom mostu, zbog čega se nije mogao koristiti i
skoro se srušio. Most se zaista i srušio u jutarnjim satima 9. novembra 1993. Vijeće je zaključilo da, iako ga je koristila Armija BiH, pa je stoga za HVO predstavljao legitimni vojni cilj, rušenje mosta prouzrokovalo neproporcionalnu štetu civilnom muslimanskom stanovništvu istočnog Mostara.
– U jutarnjim satima 23. oktobra 1993. oružane snage HVO-a krenule su u napad na selo Stupni Do. Vojnici specijalnih jedinica «Maturice» i «Apostoli» silovali su i seksualno zlostavljali tri žene iz sela. Takođe su tokom napada ubili 36 osoba, među kojima i troje djece uzrasta 13, 8 i 3 godine. Selo je u potpunosti razoreno, a mještanima je oduzeta imovina.
Vijeće je većinom glasova utvrdilo da je sukob između HVO-a i ARBiH tokom ovog razdoblja bio međunarodni sukob. Iz dokaza se vidi da su se snage hrvatske vojske borile zajedno sa pripadnicima HVO-a protiv ARBiH, a da je Republika Hrvatska vršila opću kontrolu nad oružanim snagama i civilnim vlastima najprije Hrvatske Zajednice, a potom Hrvatske Republike Herceg-Bosne.
Vijeće je većinom glasova utvrdilo da je postojao udruženi zločinački poduhvat (UZP) koji je za krajnji cilj imao uspostavljanje hrvatskog entiteta, djelimično u granicama Hrvatske banovine iz 1939., kako bi se omogućilo ponovno ujedinjenje hrvatskog naroda. Ovaj hrvatski entitet u BiH trebalo je ili da se pripoji Hrvatskoj nakon eventualnog raspada BiH, ili da postane nezavisna država unutar BiH, tijesno povezana sa Hrvatskom.
Već u decembru 1991. članovi rukovodstva Hrvatske zajednice Herceg-Bosne (među kojima je Mate Boban, predsjednik Hrvatske zajednice, a potom Hrvatske Republike Herceg-Bosne) i čelnici Hrvatske (među kojima je Franjo Tuđman, predsjednik Hrvatske) ocijenili da je za ostvarivanje krajnjeg cilja, to jest za uspostavljanje hrvatskog entiteta, neophodno promijeniti nacionalni sastav
stanovništva na teritorijama za koje se tvrdilo da pripadaju Hrvatskog zajednici Herceg-Bosni.
U najmanju ruku od kraja oktobra 1992., Prlić, Stojić, Petković i Praljak znali su da je ostvarivanje ovog cilja u suprotnosti sa mirovnim pregovorima koji su se vodili u Ženevi i da podrazumijeva premještanje muslimanskog stanovništva izvan teritorije tzv. Herceg-Bosne.
Presuda Pretresnog veća izrečena je 29. maja 2013. Jadranko Prlić je osuđen na 25 godina zatvora. Bruno Stojić, Slobodan Praljak i Milivoj Petković su osuđeni na po 20 godina zatvora. Valentin Ćorić je osuđen na 16 godina zatvora. Berislav Pusić je osuđen na 10 godina zatvora.
